政府的卫生工作职能主要体现在以下五个方面：
一是预防控制重大传染病的流行和蔓延，有效应对突发公共卫生事件。这是政府公共服务和社会管理职能。降低重大传染病发病率，有效处置突发公共卫生事件，是衡量政府工作绩效的重要指标。
二是发挥主导作用，为群众提供基本医疗保障，维护人民群众身体健康。主要包括发展医疗卫生事业，健全基本医疗保障体系，加强医疗机构运行管理，为群众提供优质、价廉的医疗服务。在坚持发挥政府主导作用的同时，注意发挥市场机制的作用，通过制定政策措施，创造宽松环境，引导社会资金发展壮大医疗卫生资源。
三是加强卫生行业监管，维护群众经济利益和就医安全。按照属地化原则，建立不分医疗卫生机构隶属关系，由当地政府实施行业监管的机制，严格医疗资格准入，规范医疗秩序，强化医疗质量评价，打击非法行医和非法采供血行为，保证群众就医和用血安全。同时，配合有关部门加强药品和医疗服务价格监管，纠正不正之风，减轻群众负担。
四是加大卫生投入，建立稳定的经费保障机制。政府对卫生事业的投入，要随着经济的发展和财政收入的增加，逐步加大力度。优化卫生投入的方向和结构，重点支持公共卫生、农村卫生和社区卫生。财政对医疗机构的经费保障要与改革、与运行机制、维护其公益性质相结合。加大医疗救助工作力度，提高医疗服务的可及性，满足群众基本医疗服务需求。
五是加强健康宣传教育，改善群众生活工作环境，提高卫生知识水平和健康意识，改变不良生活习惯和生活方式，减少疾病发生。
这五个方面是政府卫生工作必须承担的职能，但不是卫生部门一家可以完成的。涉及到各有关部门的工作，卫生部门应主动协调，紧密配合，团结一致，相互支持，形成工作合力。
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